Dešťové nádrže se naplňují asi padesátkrát za rok. Po každém naplnění je třeba co nejrychleji odstranit usazený kal, aby nedošlo při dalším dešti k jeho nekontrolovatelnému odplavení do toku. Dřívější úvahy o tom, že lze vystavět nádrž, která by se sama čistila, se nepotvrdily. Naopak! Silné usazování kalu v dešťové nádrži ukazuje, že nádrž pracuje efektivně. Kal usazený v nádrži určitě neskončil v toku.

Pracovní pokyn S128 (1992)/1/ doporučuje proto pravidelné čištění dešťové nádrže. Odstraňování kalu je nebezpečná, drahá a časově náročná práce. Proto je automatizace čištění nádrží již od objemu 200 m3 nezbytně nutná.

Velmi účinnou možností je energické vypláchnutí pomocí vyplachovacích klapek po vyprázdnění nádrže. Čištění nádrže hned po vyprázdnění je výhodné, protože je malé nebezpečí odplavení nečistot během případného odlehčení.

Vyplachovací klapky nepotřebují velké množství vody, ale potřebují potřebnou výšku

Vedle čištění nádrží pomocí vyplachovacích klapek FluidFlush je možné použít jinou strategii, sedimenty promíchat s objemem nádrže při jejím prázdnění. Jako agregáty se používají ( dle DWA-A 166 2013 ) míchadla s ponorným motorem. Obvykle jsou míchadla upevněna na konzole, tak že vodní proud směřuje pouze do jednoho místa nádrže. U kruhových dešťových nádrží se tímto může docílit samočistícího efektu. Nevýhodou je, že se mohou tvořit místa kde se sediment dále usazuje a tvoří se nánosy.